Celebes Museum bertempat di Benteng Ujung Pandang (Fort Rotterdam), menempati bekas gedung kediaman Laksamana Cornelis Speelman, yaitu Gedung No.2. Koleksi diperoleh dari sumbangan masyarakat dan hasil penggalian, diantaranya berbagai jenis keramik, mata uang, beberapa buah destar tradisional Sulawesi Selatan, dan piring emas.
Menjelang kedatangan Jepang di kota Makassar, Celebes Museum telah menempati tiga gedung, yaitu Gedung No.2, Gedung No.5, dan Gedung No.8. Koleksi di Gedung No.5 berupa alat-alat pertukangan kayu, jenis perahu, dan alat-alat pertanian, serta koleksi etnografi dari emas. Koleksi di Gedung No.8 berupa alat permainan rakyat; alat dapur seperti periuk, belanga, dll; alat musik, berbagai jenis tombak.
Pada masa pendudukan Jepang, kegiatan museum terhenti, dan mulai dirintis kembali oleh para budayawan setelah pembubaran Negara Indonesia Timur (NIT). Museum berdiri kembali pada tahun 1966 meski tidak dalam status resmi. Koleksi diperoleh dari sumbangan para budayawan, berupa gelang perak, mata uang kuno, pakaian adat pengantin, keris dan badik. Ditambah koleksi dari Yayasan Matthes, Yayasan Pusat Kebudayaan Indonesia Timur, dan milik Inspeksi Kebudayaan Daerah Sulawesi Selatan.
Empat tahun kemudian, dengan surat keputusan Gubernur (1970), museum secara resmi berdiri dengan nama Museum La Galigo. Selanjutnya melalui surat keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (1979), nama museum berubah menjadi Museum La Galigo Propinsi Sulawesi Selatan. Pada tahun 1988, Direktur Jenderal Kebudayaan melalui Direktur Permuseuman Jakarta mengeluarkan keputusan tentang penyeragaman nama museum negeri tingkat provinsi seluruh Indonesia, yaitu mendahulukan nama provinsinya masing-masing kemudian diikuti nama lokalnya.
Dengan demikian sekali lagi museum berganti nama menjadi Museum Negeri Propinsi Sulawesi Selatan La Galigo. Di era otonomi, melalui surat keputusan Gubernur pada tahun 2001, nama museum diganti menjadi UPTD Museum La Galigo Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi Sulawesi Selatan.
